Au début du mois de novembre 1998, il a été décidé que le Centre allait être transformé en Centre d’alphabétisation. On a commencé avec 62 étudiants âgés de 8 à 21 ans pour l’alphabétisation et 16 apprentis âgés de 13 à 26 ans pour l’apprentissage d’un métier.
Le 15 novembre le nombre d’étudiants est passé à 77. L’enseignement était assuré par deux sœurs et un laïc durant ses moments de disponibilité. Ils avaient cours 3 fois par semaine de 8h 30mn à 11h.
Par la suite, après une réunion paroissiale, le comité d’Eglise a eu l’idée de fonder une école pour la paroisse. Après la construction du nouveau Centre par sœur Lidwine, les sœurs de Marie réparatrice ont offert 3 salles de classe à la paroisse : l’école Saint Jean Baptiste a ouvert ses portes en septembre 2005.
Ensuite, le père responsable de l’église, Mariusz KASPERSKI, a cherché et trouvé de l’aide venant de l’extérieur pour la construction d’un second bâtiment pour l’école : ainsi l’école maternelle a pu débuter en septembre 2007.
L’absence de salle de fête constituait un problème pour les chrétiens et grâce aux efforts du P. Mariusz KASPERSKI, omi et des chrétiens, le Foyer saint Eugène DE MAZENOD fut construit en 2004.
L’une des raisons pour lesquelles l’église Saint Jean Baptiste ne pouvait constituer une paroisse est l’absence de logement pour les prêtres responsable de l’église : ceux-ci logeaient chez les OMI à Tanamakoa. Les chrétiens d’Analakininina souhaitaient pourtant avoir un prêtre sur place pour s’occuper d’eux.
Les chrétiens ont donc exposés leurs problèmes au Père Supérieur de la congrégation OMI lors de son passage à la paroisse.
En 2005, l’ancien bâtiment du Centre a été rénové et transformé en logement des prêtres responsables de la paroisse. Le 07 mai, les locaux ont été baptisés par le père Léon VARIAMANANA, vicaire général.
Quelques soient nos accomplissements, ils valent rien tant que nos esprits ne vivent pas. Voici donc quelques chiffres sur les accomplissements de l’église : 1812 baptêmes et 119 mariages.
A l’heure actuelle, grâce au projet DYNATEC, le nombre de chrétiens sur place ne cesse d’augmenter. Beaucoup de chrétiens étrangers travaillent pour le projet et déménagent à Analakininina. De ce fait, le nombre de chrétiens assistant à la messe du dimanche peut atteindre jusqu’à 2500. Le 6ème quartier Saint Eugène DE MAZENOD, Fokontany Tsarahonenana Tsararivotra est en voie de création.
En janvier 2010, le bureau de la paroisse a été mis en place grâce aux efforts fournis par le Père Curé et à la participation des chrétiens.
Erigée en « SANCTUAIRE DE LA MISERICORDE » le 29 novembre 2015 par Monseigneur Désiré TSARAHAZANA, Archevêque de Toamasina, l’ECAR Paroisse Saint Jean Baptiste est devenue désormais le « Sanctuaire de la Miséricorde » du diocèse de Toamasina. Le Premier responsable et premier curé du sanctuaire est : Père Paweł PETELSKI de la communauté OMI. Il a succédé père Krzysztof SZABLOWSKI et père Mariusz KASPERSKI tous les deux sont des prêtres de la même communauté.