Diecezja Mananjary została utworzona 9 kwietnia 1968 r. w wyniku podziału diecezji Fianarantsoa (podprefektury Mananjary i Ifanadiana) oraz Toamasina (podprefektura Nosy Varika). Z powierzchnią 14 270 km2, Mananjary jest najmniejszą diecezją po stolicy.

Próby misyjne w regionie sięgają ponad 100 lat wstecz, dzięki jezuickim misjonarzom z Fianarantsoa. Dowodem na to jest kościół St. Augustyna w Mananjary, który później stał się katedrą i nosi datę założenia w 1873 roku.

Prawdziwa praca musiała rozpocząć się znacznie później wraz z misjonarzami-rezydentami. Pamiętamy ojców De Batz, Laurent, Catry i Gadenne, a nieco później ojców Boutry, Stauder i Poutrain. W grobowcu misyjnym na cmentarzu miejskim spoczywają oo. Jhonso (+ w 1916 r.), Murat (+ w 1926 r.), Fiévet (+ w 1926 r.), Boivin w 1947 r.). W archiwum znajdują się dwa dzienniki. Pierwszy pochodzi z lat 1926-1937 i dotyczy dystryktu Namorona, ale wspomina o wizytach w około dwudziestu wspólnotach aż do Marohita.  Drugi obejmuje okres od kwietnia 1926 r. do kwietnia 1927 r. z wizytami w Mahela, Ambohitsara, Ambahy, Fanivelona, Nosy Varika, Andonaka, Ambodiriana Sahafary, Fiadanana, Soavina, Ampasinambo, Ambodilafa, Sahavato, Vohilava. Sahasinaka, Ampasimanjeva, Loholoka, Nato itd. Kościoły zostały założone w Vohilava (1925) i Ambohimanga du Sud (1935). Kościół w Sahavato został założony przez OO. Montfortains w 1933 roku. Następnie powstały wszystkie inne ośrodki.

W 1962 r. do ojców jezuitów dołączyli ojcowie misji zagranicznych z Paryża, wraz z przybyciem oo. Roger du Noyer i Louis Hoffmann, a następnie wielu młodych ludzi, w tym ks. Robert Chapuis, który został mianowany pierwszym biskupem diecezji (1968-1973). Drugi biskup Xavier Tabao Manjarimanana Sj, pochodzący z diecezji, był u steru przez 23 lata (1976-1999).

W 1980 r. diecezja liczyła zaledwie 10 kapłanów, w tym tylko jednego z Madagaskaru: ks. Zacharie Andriamazava z Fianarantsoa, który pracował w diecezji przez wiele lat od 1947 roku. Zmarł w 1986 roku.

Biskup Tabao chciał znaleźć innych pracowników dla Winnicy. Jego poszukiwania okazały się owocne. Pod koniec 1982 r. przybyli ojcowie Déhoniens, początkowo Portugalczycy. Obecnie są oni odpowiedzialni za dystrykty Ifanadiana, Antsenavolo i Ambohimanga Sud.

W 1989 r. przybyli Ojcowie Werbiści, którzy dziś stanowią największą grupę w diecezji. Objęli opiekę nad dystryktami Vohilava, Tsiatosika, Mahavoky i Ambohitsara, a także nad Katechetycznym Centrum Szkoleniowym. Kler diecezjalny, składającym się z Madagaszy, Francuzów, Włochów i Portugalczyków, został wzbogacony o Indonezyjczyków, Polaków, Hindusów, Filipińczyków, Słoweńców, Kongijczyków i Kameruńczyków.

Biskupstwo Mananjary zostało utworzone 9 kwietnia 1968 r. poprzez odłączenie arcybiskupstwa Fianarantsoa i arcybiskupstwa Tamatave. Następujące osoby były biskupami:

• 9 kwietnia 1968 - 29 grudnia 1973: : Robert Chapuis (Robert Lucien Chapuis).
• 29 grudnia 1973 - 20 listopada 1975: wakat.
• 20 listopada 1975 - † 24 maja 1999 : François Tabao Manjarimanana (François Xavier Tabao Manjarimanana).
• 24 maja 1999 - 30 października 2000: wakat.
• od 30 października 2000 : José Caires de Nobrega (José Alfredo Caires de Nobrega).