Sa création remonte au 9 avril 1968, pardivision des diocèses de Fianarantsoa (sous-préfectures de Mananjary et d'Ifanadiana) et de Toamasina (sous-préfecture de Nosy Varika). Avec une surface de 14 270 Km2, Mananjary est le plus petit diocèse en superficie après lui de la Capitale.

Cependant, les essais missionnaires dans la région remontent à plus de 100 ans, grâce aux missionnaires jésuites venant de Fianarantsoa. En est la preuve l’église St. Augustin de Mananjary, venue par la suite Cathédrale, qui porte la date de fondation de 1873.

Le vrai travail a dû commencer bien plus tard avec des missionnaires résidents. On garde la mémoire des pères De Batz, Laurent, Catry, Gadenne, et un peu plus tard des Pères Boutry, Stauder, et Poutrain. Au tombeau de la Mission au cimetière de la ville reposent les PP. Jhonso (+ en 1916), Murat (+ en 1926), Fiévet (+ en 1926), Boivin en 1947). Aux archives, on garde en tout et pour tout deux diaires. Le premier va de 1926 à 1937; il concerne le district de Namorona, mais y sont mentionnées les visites à une vingtaine de Fiangonana jusqu’à  Marohita.  Le  second  va  d’avril  1926 à  avril 1927 avec visites  à  Mahela,  Ambohitsara, Ambahy,  Fanivelona,  Nosy  Varika,  Andonaka,  Ambodiriana  Sahafary,  Fiadanana,  Soavina, Ampasinambo, Ambodilafa, Sahavato, Vohilava. Sahasinaka, Ampasimanjeva, Loholoka, Nato etc. Nous voyons la fondation d'églises à Vohilava (1925), Ambohimanga du Sud (1935). L'église de Sahavato a été fondée par les PP. Montfortains en 1933. Tous les autres centres ont suivi.

Les Pères Jésuites furent secondés par les Pères des Missions Étrangères de Paris en 1962, avec l'arrivée des PP. Roger du Noyer et Louis Hoffmann, suivis par de nombreux jeunes, parmi lesquels le P. Robert Chapuis qui fut nommé premier évêque du Diocèse (1968-1973). Le deuxième évêque, S.E. Mons. Xavier Tabao Manjarimanana Sj., issu du diocèse, tint la barre pendant 23 ans (1976-1999).

En 1980, le diocèse comptait 10 prêtres seulement, dont un seul malgache: le P. Zacharie Andriamazava originaire de Fianarantsoa, qui travailla de nombreuses années dans le diocèse à partir de 1947. Il s’est éteint en 1986.

Mgr Tabao se souciait de chercher d'autres ouvriers pour la Vigne. Sa recherche fut fructueuse. En fin 1982, arrivaient les PP. Déhoniens, tous Portugais au départ. Ils ont aujourd’hui la charge des districts d'Ifanadiana, d’Antsenavolo et de Ambohimanga du Sud.

En 1989, sont arrivés les PP. du Verbe Divin qui forment aujourd’hui le groupe le plus important dans le diocèse. Ils ont pris en charge les districts Vohilava, Tsiatosika, Mahavoky et Ambohitsara, ainsi que le Centre de Formation Catéchétique. Avec eux, le presbyterium, composé de Malgaches, Français, Italiens et Portugais, s'est encore enrichi d’Indonésiens, de Polonais, d’Indiens, de Philippins, de Slovènes, de Congolais, et de Camerounais.

L'évêché de Mananjary est créé le 9 avril 1968, par détachement de l'archevêché de Fianarantsoa et de l'évêché de Tamatave. Sont évêques:

• 9 avril 1968 - 29 décembre 1973 : Robert Chapuis (Robert Lucien Chapuis).
• 29 décembre 1973 - 20 novembre 1975 : siège vacant.
• 20 novembre 1975 - † 24 mai 1999 : François Tabao Manjarimanana (François Xavier Tabao Manjarimanana).
• 24 mai 1999 - 30 octobre 2000 : siège vacant.
• 30 octobre 2000 : José Caires de Nobrega (José Alfredo Caires de Nobrega).